Dall’ingresso si passa a sinistra nel recinto degli scavi, dominato dai 3 piani di una casa romana, del III secolo dell’impero. A destra della casa, un breve braccio di catacombe cristiane; nello spiazzo di fronte alla casa, una scaletta scende ad un colombario rettangolare, con le pareti crivellate dalle nicchiette per urne cinerarie (donde il nome di colombario) e, in mezzo, due pilastri (uno quasi interamente distrutto) con altre nicchiette. A sinistra della casa romana, in basso, il Sepolcro degli Scipioni, una delle più grandi famiglie della Roma repubblicana, i cui componenti continuarono ad esservi inumati anche quando la cremazione era diventata abituale. Della facciata rimangono il basamento con tracce di porta e le basi di due colonne di un portico di peperino. L’interno, buio e freddo, si presenta come un intreccio di grossi blocchi e di stretti passaggi. Subito a sinistra dell’ingresso, sarcofago di un giovane Scipione, questore nel 167 a. C.: l’epigrafe ricorda che il padre sottomise il re Antioco. Si prosegue direttamente e si passa in un punto ristretto da 2 sarcofagi, che recano la copia delle antiche epigrafi: quello a sinistra è del figlio di Scipione Barbato, console nel 259 a. C., conquistatore della Corsica e dell’Algeria; quello a destra, probabilmente, del fratello dell’Ispano. Poi, di fronte, la copia (l’originale è in Vaticano) del sarcofago di Scipione Barbato, console nel 298 a. C., conquistatore del Sannio e della Lucania e avo dell’Africano. A sinistra di esso il Sarcofago di Cornelio Scipione Asiatico. Si prosegue a sinistra; si trovano il sarcofago di Paola Cornelia, sposa di Scipione Ispano e 2 loculi, uno dei quali del I secolo, appartenne forse ai Corneli Lentuli, eredi degli Scipioni. Si arriva ad un calcara, ove dovettero essere ridotti in calce i marmi dei monumenti circostanti dell’Appia, che è stata conservata quale esempio dell’incosciente vandalismo del Medioevo e del Rinascimento: a destra il sepolcro di un ignoto e a sinistra quello di Cornelio Getulico; poi si volta a sinistra in un andito, ove è copia dell’epigrafe di M. Giunio Silano. Traversato il corridoio principale e scesa una scaletta di ferro, si arriva all’estremità Ovest della Tomba: di fronte, un sarcofago per 2 salme, con l’iscrizione di Gneo Cornelio Scipione Ispanico, pretore nel 139 a. C.; a sinistra, presso il piano inferiore della casa romana, epigrafe di Publio Cornelio Scipione col commovente compianto di lui, morto giovanissimo (figlio dell’Africano?).
Negli attigui Orti degli Scipioni, oggi giardino pubblico, il colombario di Pomponio Hylas, scoperto nel 1830, perfettamente conservato. A metà di una scaletta, di fronte a chi scende, è un edicola a mosaico, con l’urna cineraria dei fondatori: Pomponio Hylas e sua moglie Pomponia Vitalinis. Si giunge nella piccola stanza sotterranea, con le pareti rivestite di stucchi e di interessanti pitture del I secolo, e traforate da nicchiette, parte a edicola, ciascuna con due cavità chiuse da coperchi, per le urnette cinerarie. Dai titoli risulta che molti dei defunti erano liberti di Augusto e di Tiberio.
Uscendo a sinistra del Colombario, sulla via di Porta Latina, si vede a destra l’oratorio di S. Giovanni in Oleo, cappella ottagonale isolata, rifatta da Giulio II (1509), restaurata da Alessandro VII (1658). Sorge sul luogo ove si vuole che Giovanni Evangelista uscisse illeso dal supplizio dell’olio bollente, il che gli valse salva la vita con l’esilio a Patmos. L’attuale cappella, rifatta sull’antica, sarebbe del Bramante; ma l’interno ottagono è del Borromini. Sulla porta, stemma del prelato francese Benedetto Adam (XVI secolo), con il motto "Au plaisir de Dieu".
Di fronte, oltre il muro del collegio Missionario, un grosso nucleo di sepolcro antico. Dietro il collegio (passare a sinistra per la via di S. Giovanni a Porta Latina), la chiesa della fine del V secolo, rifatta nel 722 e più volte restaurata.
La facciata, fiancheggiata dal campanile romanico, è preceduta da un portico. All’esterno, 2 basse colonne di granito, antiche come quelle che dividono le tre navate all’interno, e come il pavimento davanti all’altare. Sotto il tetto a capriate visibili affreschi della fine del XII secolo (Storie del Vecchio e Nuovo Testamento), molto deteriorati, ma di grande interesse, come inizio della pittura romanica.
La via di Porta Latina termina, qualche passo oltre S. Giovanni in Oleo, alla Porta Latina, aperta da Bellisario nelle mura Aureliane e fiancheggiata da 2 torrioni cilindrici. Notare nella chiave dell’arco, all’interno, la croce iscritta in un circolo. Proseguendo oltre la Porta Latina per il viale Latino, si arriva a Porta S. Sebastiano.

Secondo una tradizione popolarizzata dal famoso romanzo di Enrico Sienkiewicz, in questo punto Gesù apparve a S. Pietro, che fuggiva da Roma per evitare il martirio e, all’Apostolo che gli chiedeva: Domine, quo vadis?, rispose: Venio iterum crucifigi (vengo a farmi crocifiggere per la seconda volta).Pietro capì e tornò ad affrontare la morte. Nella chiesa si mostra una riproduzione delle impronte che, secondo la leggenda, Gesù lasciò su una pietra, conservata a S. Sebastiano.

Il Santuario sorse nel 1745 per custodirvi un’immagine della Madonna, dipinta da ignoto nel XIV secolo su una torre del Castel di Leva, fortezza degli Orsini, poi dei Savelli (1200), chiamata allora Castrum Leonis (Castello del Leone). Distrutto il castello (XV secolo), rimase in piedi la torre ove era dipinta la Madonna alla quale un pellegrino, assalito in quei pressi da cani furiosi, attribuì la sua salvezza miracolosa. La fama dell’accaduto, sparsasi con ampiezza insolita per un fatto di per sé non eccezionale, richiamò ai piedi dell’immagine tali folle di pellegrini che pochi anni dopo veniva innalzato il Santuario rimasto tale fino al 1999, anno nel quale fu sostituito da quello attuale.

Percorso un viale di cipressi, si è condotti a vedere una piccola basilica con tre absidi, la cella con tre cori dei Ss. Sisto e Cecilia. Nell’interno, busto di G. B. De Rossi, il moderno fondatore dell’archeologia cristiana, che incominciò da questo luogo gli studi dei cimiteri cristiani dell’Appia (1850); iscrizioni e frammenti di sculture provenienti dalle catacombe; davanti all’abside mediana, avanzi della tomba di papa Zeffirino (morto nel 219), il cui corpo fu qui trasportato dal primitivo sepolcro nella catacomba insieme con quello dell’accolito Tarcisio, il martire dell’Eucaristia.
Vicino è l’ingresso alle catacombe, ove si scende per una scala antica. Si visita prima la cripta dei papi con tombe di più pontefici (episcopi) romani del III secolo; vi sono conservate le iscrizioni originali in greco di Ponziano (morto nel 235), Antero (m. 236), Fabiano (m. 250), Lucio (m. 254), Eutichiano (m. 284). Vi fu sepolto anche Sisto II, ucciso nella persecuzione di Valeriano (258). In onore dei martiri, papa Damaso, (367-384), grande cultore delle loro memorie, pose l’epigrafe metrica nel fondo della cripta (si osservino i caratteri, espressamente creati dal valente calligrafo del tempo di Furio Dionisio Filocalo). Nella cripta contigua era la tomba di S. Cecilia, le cui reliquie furono rimosse da Pasquale I (inumata nella chiesa di S. Cecilia in Trastevere). Alle pareti, S. Cecilia, S. Urbano, testa di Salvatore, affreschi del VII-VIII secolo. Poco lontano dalla cripta dei papi, una galleria del III secolo conduce ai cubicoli dei Sacramenti: Battesimo, Penitenza, Eucaristia, preziosi simbolici affreschi del principio del III secolo. Più oltre, l’importante cripta del papa Eusebio,(m. 311) esiliato in Sicilia da Messenzio. Vi si legge una copia del VI secolo di un’iscrizione damasiana col ricordo dello scisma suscitato da tale Eraclio per la questione dei lapsi. In cubicoli vicini si vedono la primitiva iscrizione sepolcrale di papa Caio (m. 296) e due sarcofagi coi resti mummificati dei sepolti. In regione più remota è la tomba di papa Cornelio (m. 253), con l’iscrizione contemporanea latina contenente il titolo di "martyr"; belle pitture bizantine (2a metà del VI secolo). Accanto, la cripta di Lucina, il nucleo primitivo del cimitero.

Sono uno dei cimiteri della colonia giudaica, numerosissima in Roma dalla fine della Repubblica, particolarmente agglomerata in Trastevere e intorno a Porta Capena. Queste catacombe, scoperte nel 1857, servivano per quest’ultima località; sono molto estese e raggiunsero il loro maggiore sviluppo nel III-IV secolo. Le forme costruttive e decorative sono analoghe a quelle delle catacombe cristiane; la decorazione pittorica tuttavia manca, secondo i precetti giudaici, di figurazione vera e propria: vi sono invece l’arca della legge, il candelabro a sette braccia, corni d’ariete, palme, ecc. Le formule, per lo più in greco, sono pure analoghe alle cristiane: "In Pace", "Il tuo sonno fra i giusti", ecc.

La facciata barocca, di Giovanni Vasanzio, è preceduta da un portico su 6 colonne binate di granito, di cui due, di un raro granito verdognolo, risalgono all’antica basilica.
Interno della chiesa a una navata. Soffitto del Vasanzio. A destra nella prima cappella la pietra con un impronta lasciata, secondo una pia leggenda dai piedi di Gesù. Seguono la tomba del Cardinale Giovanni Maria Gabrielli (m. 1711) e la cappella Albani costruita da C. Fontana per ordine di Clemente XI e dedicata a S. Fabiano Papa; decorazione di C. Maratti. All’altare maggiore quattro preziose colonne di verde antico; affreschi della scuola di A. Carracci. A sinistra 3^ cappella S. Francesco di Assisi, attribuito al Muziano. La 1^ cappella in corrispondenza della sepoltura di S. Sebastiano nelle catacombe, fu eretta da Ciro Ferri per il cardinale Barberini; bella statua giacente di S. Sebastiano di Antonio Giorgetti, su modello del Bernini. Segue la lapide proveniente dalla catacomba con l’elogio del martire Eutichio scritto da Papa Damaso.